سازمان قضائی نیروهای مسلح
یکی از مراجع دادگستری ومنفک از نیروهای مسلح ، مراجع خاص قضائی بنام  سازمان قضائی نیروهای مسلح می باشد که به جرائم خاص نظامیان رسیدگی می کند . ریاست سازمان قضائی به عهده رئیس شعبه اول نظامی 1 مرکز می باشد و عند اللزوم می تواند دارای یک یا دو معاون باشد . در معیت دادگاههای نظامی دادسرای نظامی قرار دارد که از دادستان و تعدادی دادیار و بازپرس تشکیل می شود . وظایف و اختیار دادستان و دادیاران نظامی ، تعقیب و تحقیقات از متهم نظامی برابر قانون آئین دادرسی نیرو های مسلح می باشد . پس از صدور قرار نهائی توسط دادیار یا بازپرس نظامی براساس کیفرخواست صادره توسط دادستان نظامی پرونده کیفری با توجه به حدود و صلاحیت دادگاههای نظامی یک و دو ( حسب مورد ) به  دادگاههای مذکور ارسال می گردد .

سازمان پزشکی قانونی
سازمان پزشکی قانونی کشور سازمانی است وابسته به قوه قضائیه که به منظور کارشناسی در امور پزشکی که نظریات آن برای مراجع قضائی وسایر دستگاههای دولتی مستند می باشد و بررسی وتحقیق در امور پزشکی قانونی در پیشگیری از وقوع جرم تشکیل شده است . رئیس این سازمان از سوی رئیس قوه قضائیه از بین پزشکان واجد صلاحیت تعیین می شود . سازمان هزینه های مقرر خدمات پزشکی قانونی را اخذ و به حساب درآمد عمومی کشور واریز می نماید .

اداره کل زندانها
اداره کلیه امور مربوط به زندانها ، بازداشتگاهها و مراکز اقدامات تامینی و تربیتی کشور و موسسات صنعتی وکشاورزی و خدماتی وابسته به آنها و ایجاد امکانات و تسهیلات لازم در زمینه اصلاح و ارشاد و آموزش زندانیان و اشتغال و حرفه آموزی آنها و کمک به رفع مشکلات مادی و معنوی خانواده زندانیان و تهیه آمار و اطلاعات لازم برای استفاده در مطالعات مربوط به جرم شناسی و تهیه فهرست اسامی زندانیان محکوم واجد شرایط قانونی عفوو یا تخفیف مجازات و ارائه آنها به رئیس قوه قضائیه و پیشنهاد آزادی مشروط به مقامات قضائی مربوطه و برنامه ریزی برای مراقبت پس از خروج زندانی از محل نگهداری با همکاری دستگاههای ذیربط با این سازمان است .
رئیس سازمان به پیشنهاد دادستان کل کشور و با تصویب رئیس قوه قضائیه برای دو سال منصوب می شود نصب مجدد وی بلامانع و عزل او با رئیس قوه قضائیه است .

سازمان ثبت اسناد واملاک
اجرای تمامی قوانین ومقررات وضوابط مربوط به ثبت اسناد و املاک در سطح کشور و کلیه وظایفی که مطابق قوانین ومقررات سایر وزارتخانه ها وسازمانهای دولتی در جهت همکاری با آنها به عهده سازمان ثبت اسناد و املاک محول گردیده است .

• تنظیم روابط حقوقی افراد وختم دعاوی و استقرار مالکیت و جلوگیری از دعاوی ناشی از روابط مالی و تامین حقوق صاحبان اموال از طریق اجرای قوانین و مقررات مربوط .
• صدور پروانه و اجازه اشتغال به کار سردفتران و دفتر یاران اسناد رسمی و ازدواج وطلاق و اجازه گواهی امضاء .
• ثبت شرکتهای تجاری و اختراعات داخلی و خارجی در ایران طبق ضوابط قانونی .
جمع آوری و نگهداری آمار و اطلاعات مربوط به وصول وایصال عواید و درآمدهای قانونی سازمان و فعالیتهای مربوط به ثبت اسناد و املاک و شرکتها در سطح  کشور و تعداد و مبلغ معاملات و اسنادی که به مرحله صدور اجرائیه رسیده است.

سازمان بازرسی
براساس حق نظارت قوه قضائیه نسبت به حسن جریان امور و اجرای صحیح قوانین در دستگاههای اداری سازمانی به نام سازمان بازرسی کل کشور زیر نظر رئیس قوه قضائیه تشکیل میشود ( اصل 174 قانون اساسی ) . این سازمان در مورد تخلفات و نارسائیها و سوء جریان امور اداری ومالی وزارتخانه ها ، نهادها و بنیادها ، مراتب را به رئیس جمهور اعلام می کند .همچنین تخلفات موسسات و شرکتهای دولتی و وابسته به دولت را به وزیر مربوطه ، در مورد شهرداری و موسسات تابعه به وزیر کشور و در مورد موسسات غیر دولتی کمک بگیر از دولت به وزارت امور اقتصاد و دارائی و در موارد مشابه تخلفات مراجع قضائی ودادگستری به رئیس قوه قضائیه و در موارد ارجاع شده از کمیسیون های اصل 88 و 90 قانون اساسی نتیجه بازرسی را به آن کمیسیونها اعلام خواهد نمود .